Да, можете работать. Когда закроете все формы в НДС, в меню появится пункт "Результаты сверки", там и найдете результаты, но результаты могут прийти через минуту или через 3 недели, в зависимости от работы сервера.
Наверно я этот вопрос в отдельную тему выделю.
НДС НП_12.02.09 - это
текущая версия НДС 1.6.1.21, про криптографическую проверку я не понял, что Вы имеете ввиду. Но думаю, это связано с СГДС и Вас не должен волновать этот вопрос, если статус Криптосистемы Ready, об этом надо в разделе СГДС обсуждать