djazator, сама не сталкивалась, но знаю что сертификаты устанавливаются впервые только на тот комп, с которого подавалась заявка. При формировании заявки у вас создается на вашем компе одна часть закрытого ключа, когда устанавливаете сертификаты создается вторая часть и все начинает работать (программисты наверное посмеются как я объясняю, но суть примерно такая). Попробуйте сделать следующее, установите заново ПО для госзакупок и пройдите по этой ссылке
http://www.pki.gov.kz/cms , там есть: При повторном получении ЭЦП, вам нет необходимости заново собирать пакет документов, вам достаточно воспользоваться вашим личным кабинетом (вход по вашему действующему сертификату). Ваш полученный сертификат должен быть там. и попробовать еще раз получить новый. Ну уж если не получится сделать так, то придется еще раз подавать заявку и получать новый сертификат. Вот если бы вы уже установили сертификат прежде чем переустанавливать windows и экспортировали ключи и сертификаты в отдельную папочку, а ее сохранили, вам достаточно было бы при установке указать ее и все.