1. При запросе на выписку с лицевого счета нужно заполнить графу налоговый комитет, допустим наша организация находится в Алмате, в этом случае я выбираю Алматинскую область ???
нет нужно заполнить номер Налогового Комитета, в котором Вы стоите на учете (Вам необходимо спросить у Вашего бухгалтера), вряд ли Вы стоите на учете в областном Налоговом Комитете (сейчас Налоговом Департаменте).
2. Чем отличается лицевой счет от выписки с лицевого счета?
Закажите и то и другое, в одном из случаев, спросит код налога, введите 101101 - это корпоративный подоходный налог (если у Вас не ИП) - получите распечатайте и покажите, что можете и по другим кодам заказывать. Например, 105101 - по НДС. Бухгалтера сами разберутся что им конкретно надо.
3. И что обычно бухам нужно лицевой счет или выписка с лицевого счета ?
Запросите и то и другое, им бывает нужно и то и другое.