Во-первых, написали не в ту тему, лучше бы написали в "Личные темы", чем писать в первой попавшейся, выделю отдельно, а то в этой Вы долго будете ждать ответ.
"На основании п.1 ст.428 пп.5)п.3" наверное правильнее "ст. 428, п 3, пп 5"
Запутано написали, пока пытался разобраться не понял пары вещей: Вам выдано решение, что ТОО «2» сменило режим на ОУР? Если имеется, то необходимо в кратчайшие сроки написать ответ в НУ г. Усть-Каменогорск, что в ТОО «1» и ТОО «2» один и тот же учредитель, что Вы прилагаете копию решения, что ТОО «2» перешло на общеустановленный режим налогообложения.
Но это было бы если заявление подали бы до 10 января. Смотрим статью 435:"В случае несоответствия условиям, установленным статьями 428, 433 настоящего Кодекса, налоговое заявление представляется в течение десяти календарных дней с момента возникновения несоответствия".
В данном случае, Вы до 10.01.2009 года не подали заявление и оба Налоговых управления были вправе Вас снять с учета на СНР.
Как вариант, Вы можете указать, что просите минимизировать штрафные санкции, в связи с тем, что Налоговым управлением не был исполнен пункт 6 статья 435 НК МФ РК:
Налоговый орган при установлении факта несоответствия налогоплательщика условиям применения данного режима на основе принятого решения уведомляет налогоплательщика о переводе его на общеустановленный порядок с месяца, следующего за месяцем, в котором возникло несоответствие
Т.е. Вас не уведомили, что был изменен Налоговый режим. Хотя насколько мне известно, такие письма сначала несколько месяцев лежат в НК, затем высылаются в налогоплательщику.
На мой взгляд действия Налогового управления верны.