Применяются два различных метода учета НДС, относимого в зачет, если есть разные обороты.
Например:
1)есть облагаемый оборот- обычный по ставке 12% - ст. 230 НК
2) есть оборот по нулевой ставке - экспорт, международные перевозки - ст. 242- 245 НК
3) есть оборот, освобожденный от НДС - ст. 248-255 НК.
Статья 261. Пропорциональный метод
По пропорциональному методу налог на добавленную стоимость, относимый в зачет, определяется исходя из удельного веса облагаемого оборота в общей сумме оборота.
Соответственно, будете учитывать НДС пропорционально.
Например, облагаемый оборот - 60%, необлагаемый оборот - 40%. То и НДС в зачет Вы берете также пропорционально - 60% берете в зачет, 40% - нет.
Статья 262. Раздельный метод
1. При определении налога на добавленную стоимость, относимого в зачет по раздельному методу, плательщик налога на добавленную стоимость ведет раздельный учет по расходам и суммам налога на добавленную стоимость по полученным товарам, работам, услугам, используемым для целей облагаемых и необлагаемых оборотов.
Здесь учет ведется раздельно по каждому обороту.
Например,
1) у Вас есть необлагаемые обороты. НДС от поставщиков по товарам, работам, услугам (ТРУ), которые относятся к такому обороту - в зачет не берете.
2) также есть облагаемые обороты - тут в зачет берете весь НДС по ТРУ, используемым для этого оборота. Например, торговля стройматериалами. От поставщиков этих стройматериалов НДС в зачет берете.
Согласно ст. 260 НК
2. При наличии облагаемых и необлагаемых оборотов налог на добавленную стоимость относится в зачет по выбору плательщика налога на добавленную стоимость пропорциональным или раздельным методом.
Выбранный метод определения налога на добавленную стоимость, относимого в зачет, не подлежит изменению в течение календарного года.