Я бы для начала поговорил с работницей: почему не пошла, с какой целью берёт отпуск. Возможно ей просто деньги нужны - оформите как компенсацию за отпуск и выплатите. Объясните ей, что лучше присоединить эти дни к концу больничного по БиР, а так она эти дни отдыха просто потеряет. И т.д.
Позволять работать женщине, когда у неё есть на руках больничный по БиР я бы на месте руководства поостерёгся. Во всяком случае возьмите с неё хотя бы заявление о том, что она просит предоставить работу (не "не возражаю", а именно "прошу Вас") на время отпуска по БиР. К тому же вопрос с двойной оплатой возникает.
И ещё, нигде в законодательстве не видел формулировки про позволение работать женщине на сносях даже "по согласованию с работодателем". Так что в любом случае только на страх и риск руководства предприятия. К тому же нельзя не отметить некоторое непостоянство женщин "в интересном положении"

сегодня хочет работать, а завтра в минтруда пожалуется
